Братья Черепашки устали прятаться, стали нормальными подростками и решили завоевать сердца жителей Нью-Йорка героическими поступками. Оказывается, это не так и просто. Бороться с таинственным преступным синдикатом Черепашкам помогает новая подруга Эйприл О’Нил, но дела становятся по-настоящему плохи, когда им придется противостоять армии мутантов...

Бывший государственный агент Рэймонд Рэддингтон, некогда перешедший на другую сторону закона и много лет находившийся в розыске как один из десятка самых опасных преступников в мире, неожиданно сдается властям. Он предлагает ФБР помощь в поимке террористов международного уровня и других интересующих Бюро персон. Но у Рэда есть одно условие: работать по этому «черному списку» он будет только с молодой Элизабет Кин — подающим надежды агентом-новичком. Правительство вынуждено пойти ему навстречу, понимая, что Реддингтон затеял свою игру.

Действие второго сезона происходит через пять лет после событий The Last of Us, когда Элли и Джоэл обосновались в Вайоминге. Они живут среди группы выживших в коммуне Томми, но вскоре их покой оказывается под угрозой. В какой-то момент становится известно о появлении таинственных незнакомцев, и Элли отправляется на их поиски вместе со своей подругой Диной.